Дидыч Дмитрий Александрович



Скачать 38,15 Kb.
Дата02.06.2018
Размер38,15 Kb.
Дидыч Дмитрий Александрович

33 года, научный сотрудник Лаборатории структуры и функций генов человека, работает в области функциональной геномики человека, принимал непосредственное участие в разработке ряда оригинальных методик полногеномного функционального картирования цис-регуляторных элементов генома человека. За последние пять лет автор и соавтор 10 статей, 9 из которых индексируются WoS и Scopus, был руководителем двух проектов, поддержанных РФФИ, в качестве исполнителя участвовал в 5 проектах, поддержанных РНФ, РФФИ, Программой Президиума РАН и Ведущей научной школой Президента РФ. Руководитель и соруководитель 5 дипломных и 4 курсовых работ. В настоящий момент Дидыч Д.А. разработал массированный параллельный функциональный отбор геномных активаторов транскрипции, основанный на совмещении иммунопреципитации хроматина и лентивирусной системы экспрессии гена зеленого флуоресцентного белка, предназначенной для детекции промоторной и энхансерной активностей (готовится публикация).

Представляет работу по теме: Исследование регуляторных элементов специфической экспрессии генов в опухоль-ассоциированных фибробластах.

Срок выполнения проекта - 1 год.

Основной целью проекта является сравнительный анализ эпигенетического статуса регуляторных элементов в фибробластах нормальных и опухолевых тканей.

Задачи исследования:

1) Получить культуры нормальных и опухоль-ассоциированных фибробластов мыши;

2) С использованием ChIP-seq технологии и биоинформатических методов провести полногеномный поиск потенциально активных регуляторных элементов в геномах нормальных и опухоль-ассоциированных фибробластов;

3) Провести сопоставление паттернов распределения регуляторных элементов геномов нормальных и опухоль-ассоциированных фибробластов и определить элементы, вовлеченные в трансдифференцировку нормальных фибробластов в опухоль-ассоциированные фибробласты.



Основное содержание научного исследования:

В соответствии с поставленными задачами работа будет проводиться в три этапа. На первом этапе будут получены культуры нормальных (НФ) и опухоль-ассоциированных (ОАФ) фибробластов мыши. Культуры ОАФ будут получены как искусственным (посредством кокультивации нормальных фибробластов с раковыми клеткам), так и естественным (посредством выделения из аллографтных опухолей) путем. Полученные культуры фибробластов будут охарактеризованы по экспрессии отдельных известных маркеров ОАФ (αSMA, FAP, FSP1/S100A4, NG2, PDGFRb) с использованием метода количественной ОТ-ПЦР.

На втором этапе с использованием полученных популяций фибробластов будет проведена иммунопреципитации хроматина по измененному протоколу Orlando [1] с рекомендациями компании Life Technologies (Protocol Dynabeads Protein G, #10003D). Для иммунопреципитации хроматина будут использованы антитела к гистону H3K27ac (гистон H3, ацетилированный по 27 остатку лизина), являющемуся эпигенетической меткой активных регуляторных элементов (промоторы, энхансеры, суперэнхансеры) [2, 3]. Для получения биологических репликатов эксперимент будет повторен. Из полученных образцов иммунопреципитированных ДНК будут получены амплифицируемые библиотеки и подготовлены для NGS-секвенирования на платформе Illumina MiSeq/HiSeq (коммерческая услуга). Будет проведен биоинформатический анализ данных NGS-секвенирования: прочтения будут картированы на референсный геном мыши, будет определена плотность распределения картированных последовательностей в геноме и определены области потенциальных регуляторных элементов. Также будет проведен анализ распределения картированных регуляторных элементов относительно генов. Картированные элементы будут разделены на группы (промоторы и энхансеры). Будут выделены области суперэнхансеров с использованием биоинформатического подхода, описанного в работе Hnisz [3]. Кроме того, будут использованы биоинформатические методы анализа нуклеотидных последовательностей для определения потенциальных сайтов связывания факторов транскрипции в найденных регуляторных элементах.

На третьем этапе будет проведено сопоставление паттернов распределения регуляторных элементов геномов нормальных и опухоль-ассоциированных фибробластов и составлен список потенциальных элементов, вовлеченных в трансдифференцировку нормальных фибробластов в ОАФ.

Список литературы:

1. Orlando V. Mapping chromosomal proteins in vivo by formaldehyde-crosslinked-chromatin immunoprecipitation. Trends Biochem Sci 2000; 25:99 - 104

2. Heintzman ND, Stuart RK, Hon G, Fu Y, Ching CW, Hawkins RD, Barrera LO, Van Calcar S, Qu C, Ching KA, Wang W. Distinct and predictive chromatin signatures of transcriptional promoters and enhancers in the human genome. Nature genetics. 2007 Mar 1;39(3):311-8.

3. Hnisz D, Abraham BJ, Lee TI, Lau A, Saint-André V, Sigova AA, Hoke HA, Young RA. Super-enhancers in the control of cell identity and disease. Cell. 2013 Nov 7;155(4):934-47.



Содержание НИР январь 2018 - ноябрь 2018

Получение культуры нормальных и опухоль-ассоциированных фибробластов мыши. Полногеномный поиск потенциально активных регуляторных элементов в геномах нормальных и опухоль-ассоциированных фибробластов с применением технологии ChIP-seq. Идентификация регуляторных элементов генома, вовлеченных в трансдифференцировку нормальных фибробластов в опухоль-ассоциированные фибробласты.



Ожидаемые научные и (или) научно-технические результаты

Будут отработаны условия выделения фибробластов из опухолевых и нормальных тканей. Будут получены полногеномные карты распределения активных регуляторных элементов (промоторы, энхансеры, суперэнхансеры) в геномах нормальных и опухоль-ассоциированных фибробластов (ОАФ). Будут идентифицированы регуляторные элементы генома, вовлеченные в трансдифференцировку нормальных фибробластов в ОАФ. В результате выполнения проекта будет получена фундаментальная информация о механизмах взаимодействия раковых клеток с опухоль-ассоциированными фибробластами, которая может послужить основой для разработки новых или усовершенствования имеющихся противопухолевых терапевтических подходов.

Поделитесь с Вашими друзьями:


База данных защищена авторским правом ©grazit.ru 2017
обратиться к администрации

    Главная страница