Но прежде чем перейти к описанию программы, а точнее игры, FoldIt, вернемся к методам определения структуры белка



страница4/8
Дата02.06.2018
Размер2,77 Mb.
1   2   3   4   5   6   7   8

Рис.4. Лучшие попытки разрешения структуры M-PMV PR. Позже определенная кристаллическая структура представлена синим на всех 4 картинках. (a) в зеленом цвете: предсказание FoldIt, следует отметить точное совпадение боковой цепи (b) в желтом цвете: предсказание Rosetta с учетом перестройки-уточнения структуры (c) в красном: предсказание Rosetta с учетом релаксации (d) в голубом: предсказание Rosetta используя CS-Rosetta (система химического сдвига на основе Rosetta).

Далее игрокам были предложены 10 разных структур от ЯМР, которые были плохо описаны при использовании функцией энергии Rosetta. Улучшения в точности моделей представлены на рисунке 5. Процесс уточнения структуры в ходе игры занял 16 дней. Решение при определенном молекулярном замещении считалось правильным, если модель имела логарифмическую функцию правдоподобия больше, чем в случае случайных моделей.





Рис.5. Улучшение структуры M-PMV PR при участии игроков FoldIt (a) процесс уточнения структуры в течение 16 дней игры. Ось Х показывает прогресс во времени. Ось Y показывает логарифмическую функцию правдоподобия для каждой модели. Чтобы считать решение правильным при молекулярном замещении, модель должна иметь логарифмическую функцию правдоподобия больше, чем лучшие случайные модели. Распределения по интенсивности этих случайно выбранных моделей показаны бледно-синей полосой (b)начиная с весьма уточненной ЯМР модели (красный цвет), сгенерированная модель одним из игроков (желтый цвет) ближе к позже полученной кристаллической структуре (синий цвет) (c)начиная с уточненной модели одним из игроков, другой игрок получил свою модель (розовый цвет) (d) третий игрок вносит окончательные поправки и получает свою модель (зеленый цвет) со значительным уточнением для обеспечения однозначного решения молекулярного замещения.

Функция правдоподобия полученной модели была достаточно высокой, чтобы говорить, что данное решение самое хорошее из множества других: полученных из FoldIt, автоматически полученных, уточненных другими способами. Используя решение FoldIt, структура была окончательно определена в течение нескольких дней после этого (Табл.2).





Таблица 2. Данные по структуре M-PMV PR.

Решающая роль игроков FoldIt в определении структуры M-PMV PR показывает всю мощь онлайн-игр, возможности человеческой интуиции и невероятные навыки к сложению трехмерных головоломок в решении сложнейших научных задач.




Поделитесь с Вашими друзьями:
1   2   3   4   5   6   7   8


База данных защищена авторским правом ©grazit.ru 2017
обратиться к администрации

    Главная страница