Но прежде чем перейти к описанию программы, а точнее игры, FoldIt, вернемся к методам определения структуры белка



страница6/8
Дата02.06.2018
Размер2,77 Mb.
1   2   3   4   5   6   7   8

Рис.6. Предсказание элементов вторичной структуры программой Jpred.
Определив позиции элементов вторичной структуры, я воспользовалась рецептом Tvdl V2 Structure setter 1.0, который позволяет отобразить альфа-спирали и бета-листы на структуре. Правда, после этого альфа-спирали больше напоминают волнистые линии, нежели собственно спирали, поэтому я воспользовалась командой rebuild превратила их в настоящие спирали. После этого я начала сборку белка. Я решила, что 4 бета-листа нужно объединить и образовать водородные связи. После этого началась импровизация и включилась интуиция. Наиболее часто использовались инструменты “wiggle” и “bands”. Среди запускаемых рецептов хотелось бы отметить Blue Fuse v1.1, Local Quake 3.0 и Co lapses Settle. Я пробовала разрешить с самого начала несколько раз. На рисунках 7-9 представлены наиболее успешные результаты.

Наилучший результат в очках был равен 9400. Во втором случае структура получилась более «размазанной». Конечно, представленные мною результаты не совсем идеальны, в некоторых случаях есть и нежелательные гидрофобные остатки, находящиеся наружи, и пустоты, особенно во втором случае, и не самым лучшим образом расположены некоторые вторичные элементы друг относительно друга. Но все же можно сказать, что я получила весьма неплохой результат (особенно если учесть, что для большинства белков количество очков, соответствующее хорошей укладке, равно 10000-11000).






Поделитесь с Вашими друзьями:
1   2   3   4   5   6   7   8


База данных защищена авторским правом ©grazit.ru 2017
обратиться к администрации

    Главная страница