Тезисы докладов регуляция экспрессии копий рибосомной днк, содержащих инсерции ретротранспозонов



страница2/4
Дата02.06.2018
Размер0,66 Mb.
1   2   3   4

Роль системы поли(АДФ-рибозил)ирования белков в стресс-индуцированных реакциях клетки на патологические воздействия
Шрам С.И.1, Ефремова А.С.1, Недорубова И.А.1, Кукушкина И.В.1, Хохлов А.Н.2, Сурин А.М.3, Пинелис В.Г.3, Мясоедов Н.Ф.1

1Сектор нейрофармакологии Отдела химии физиологически активных веществ (ОХФАВ), Институт молекулярной генетики РАН

2Сектор эволюционной цитогеронтологии, Биологический факультет, Московский государственный университет имени М.В.Ломоносова

3Лаборатория нейробиологии и фундаментальных основ развития мозга, Научный центр здоровья детей, МЗ РФ
Поли(АДФ-рибозил)ирование (ПАРирование) белков является универсальной регуляторной системой эукариотической клетки. В норме она активно вовлечена в поддержание клеточного гомеостаза путем формирования и координации внутриклеточных процессов в условиях постоянно меняющегося генотоксического и цитотоксического фона. Однако, в условиях патологии эта система выполняет не только защитные функции, важнейшей из которых является поддержание целостности генома, но также вовлекается в реализацию различных деструктивных процессов, тесно сопряженных с хроническим окислительным стрессом (ОС) и воспалением. В ряде экспериментальных исследований было показано, что ингибирование ПАРирования белков значительно снижает морфологические и функциональные нарушения, развивающееся при некоторых сердечно-сосудистых, неврологических и психических заболеваниях.

Целью наших исследований было выявить механизмы, посредством которых ПАРирование белков может влиять на процессы гибели клетки, клеточного старения (senescenсe) и формирование провоспалительного секреторного фенотипа, при некоторых распространенных кардиомиопатиях и патологиях головного мозга. В экспериментах на клеточных моделях кардиомиопатий было установлено, что активизация процесса ПАРирование белков вероятно является ключевым этапом гибели, старения и гипертрофии кардиомиоцитов при кардиотоксическом действии Dox и сахарном диабете. Также было исследовано участие системы ПАРирования белков в регуляции внутриклеточного уровня Са2+ и функционального состояния митохондрий в нейронах при индукции в них хронического ОС и глутаматной эксайтотоксичности (моделирование ишемии/реперфузии). Обнаружено, что вызываемые ОС нарушения ионного гомеостаза и функции митохондрий в нейронах тесно связаны с функционированием системы ПАРирования белков и, видимо, находятся под ее контролем. Полученные результаты указывают на перспективность рассмотрения системы ПАРирования белков в качестве потенциальной мишени для кардио- и нейропроотекторной фармакотерапии при целом ряде распространенных заболеваний сердечно-сосудистой и нервной систем.

Работа выполнена при частичной финансовой поддержке Российского фонда фундаментальных исследований (проект № 16-04-01870) и проекта Президиума РАН «Молекулярная и клеточная биология» (2014-2017гг).

Молекулярные аспекты нейрорегуляторной активности фармакологически важных пептидов

Вьюнова Т.В.

Сектор регуляторных пептидов Отдела химии физиологически активных веществ (ОХФАВ)

Уникальное сочетание биологических свойств нейропептидов – их полифункциональность, специфичность действия, высокая регуляторная активность и легкость последующей биодеградации в организме – открывает широкие возможности для создания на основе пептидов и их модифицированных аналогов различных лекарственных препаратов нейропротекторного и регуляторного действия. Несмотря на существование и успешное применение лекарств на основе пептидов, механизм их биологического действия до конца не ясен. Нами предложен интегральный подход к изучению молекулярных аспектов механизма действия регуляторных пептидов, в частности – исследования процессов их влияния на аффинность и плотность локализации (на плазматических мембранах) рецепторов различных нейромедиаторных систем клеток мозга. В основе разрабатываемой системы скрининга молекулярно-биологической активности пептидов лежит метод радиолиганд - рецепторного анализа. Использование синтезированных в Отделе меченных тритием аналогов эндогенных лигандов различных нейрорецепторов позволяет количественно охарактеризовать изменения специфических межмолекулярных процессов на поверхности клеток-мишеней. С использованием описанного выше подхода были проведены, в частности, исследования ряда нейрорецепторных систем - проанализирована молекулярно-биологическая активность около десятка групп пептидов и их модификаций (пептиолипинов, oxo-Pro и D-аминокислотных производных), исследовано сочетанное действие пептидов и непептидных эффекторных молекул. Полученные данные позволили сформулировать гипотезу, описывающую молекулярные аспекты механизма биологического действия регуляторных нейропептидов. Согласно предположению, механизм биологического действия исследуемых нейропептидов на молекулярном уровне может быть частично реализован за счет нелинейной дозо-зависимой аллостерической регуляции активности различных групп нейромедиаторных рецепторных комплексов. Для пептидов образующих синтактон, необходимо также учитывать множественные взаимодействия всех входящих в синактон пептидов с их молекулярными мишенями. Предложенная гипотеза нашла подтверждение при исследовании молекулярных аспектов биологического действия семакса и селанка. Проводимые в настоящее время исследования будут и далее продолжены и расширены, как с точки зрения разнообразия применяемых в работе радиолигандов, так и сточки зрения увеличения количества направленно синтезируемых биологически активных молекул на основе пептидов и нейролипинов.



Экспериментальные модели патологий раннего развития: оценка возможности пептидергической коррекции

Себенцова Е.А.

Лаборатория молекулярных основ регуляции поведения

Отдела физиологически активных веществ (ОФАВ)

В период интенсивного развития мозг крайне уязвим для действия негативных факторов, что при генетической предрасположенности может привести к развитию функциональных расстройств и нарушений поведения, которые проявляются на протяжении всей жизни. Защита развивающегося мозга от неблагоприятных воздействий имеет большое значение в силу значительной распространенности патологий развития детей. Нарушения могут возникать в результате воздействия на мозг ребенка факторов различной природы, таких как перинатальная гипоксия, фармакологическое воздействие при применении во время беременности лекарственных средств, эмоциональная депривация (недостаточность контакта со взрослым) и другие. Распространенной патологий развития ребенка являются расстройства аутистического спектра (РАС), одной из возможных причин которых является нарушение созревания ЦНС в раннем периоде. Коморбидность аутизма, депрессии и эпилепсии вызывает большой интерес исследователей.

Клинические исследования последствий патологий раннего развития сопряжены с огромными трудностями. Большой вклад в изучение этой проблемы вносят эксперименты на животных. В связи с этим возникает вопрос о разработке адекватных моделей таких патологий для изучения их нейрохимических механизмов и поиска путей коррекции последствий этих заболеваний. Адекватные модели перинатальных патологий должны имитировать условия, в которых такие повреждения происходят и отражать функциональные нарушения, наблюдаемые в клинике.

Основной задачей проводимых исследований являлось изучение последствий перинатальных воздействий различной природы в экспериментах на животных и поиск путей их коррекции. Нами разработаны модели для исследования последствий неонатального стресса, пренатального воздействия антидепрессантов группы селективных ингибиторов обратного захвата серотонина, острой неонатальной гипоксии, а также фармакологическая модель РАС. Сопоставление с клиническими данными показало адекватность используемых моделей. Показана возможность уменьшения негативных последствий неонатального стресса, неонатального воздействия антидепрессанта флувоксамина и неонатальной гипоксии последующим введением препарата семакс. Кроме того, показана способность регуляторных пептидов различных классов (семакс, казоморфин, фрагмент АВП) корректировать проявления фетального вальпроатного синдрома (фармакологическая модель РАС). Полученные эффекты, вероятно, определяются способностью регуляторных пептидов модулировать работу ряда нейромедиаторных систем, а также изменять уровень нейротрофических факторов.



Публикации Отдела химии физиологически активных веществ (ОХФАВ) (СН, СЭЦ, ЛНиФОРМ,СРП, ЛМОРП):

1.Markov DD, Yatsenko KA, Inozemtseva LS, Grivennikov IA, Myasoedov NF, Dolotov OV. Systemic N-terminal fragments of adrenocorticotropin reduce inflammation- and stress-induced anhedonia in rats. Psychoneuroendocrinology. 2017 Aug;82:173-186.

2. Medvedeva EV, Dmitrieva VG, Limborska SA, Myasoedov NF, Dergunova LV. Semax, an analog of ACTH((4-7)), regulates expression of immune response genes during ischemic brain injury in rats. Mol Genet Genomics (Molecular Genetics and Genomics). 2017 Jun;292(3):635-653.

3. Vyunova TV, Andreeva LA, Shevchenko KV, Myasoedov NF. Synacton and individual activity of synthetic and natural corticotropins. J Mol Recognit. 2017 May;30(5). UNSP e2597.

4. Kasian A, Kolomin T, Andreeva L, Bondarenko E, Myasoedov N, Slominsky P, Shadrina M. Peptide Selank Enhances the Effect of Diazepam in Reducing Anxiety in Unpredictable Chronic Mild Stress Conditions in Rats. Behav Neurol. 2017;2017:5091027.

5. Filatova E, Kasian A, Kolomin T, Rybalkina E, Alieva A, Andreeva L, Limborska S, Myasoedov N, Pavlova G, Slominsky P, Shadrina M. GABA, Selank, and Olanzapine. Affect the Expression of Genes Involved in GABAergic Neurotransmission in IMR-32 Cells. Front Pharmacol. 2017 Feb 28;8:89.

6. Иванов А.В., Бобынцев И.И., Шепелева О.М., Крюков А.А., Андреева Л.А., Мясоедов Н.Ф. Влияние АКТГ4-7-PGP (семакса) на морфофункциональное состояние гепатоцитов в условиях хронического эмоционально-болевого стресса. Бюллетень экспериментальной биологии и медицины. 2017. Т. 163. № 1. С. 123-127.

7. Шевченко К.В., Нагаев И.Ю., Шевченко В.П., Андреева Л.А., Шрам С.И., Мясоедов Н.Ф. Проникновение 5-oxo-pro-arg-pro в головной мозг и основные пути его метаболизма в мозге и крови крыс при интраназальном и внутривенном введении Доклады Академии наук. 2017. Т. 473. № 6. С. 742-745.

8. Шевченко В.П., Нагаев И.Ю., Андреева Л.А., Мясоедов Н.Ф. Меченный тритием 5-OXO-PRO-ARG-PRO. Доклады Академии наук. 2017. Т. 473. № 5. С. 564-567.

9. Винюков А.В., Дмитриев М.Э., Афанасьев А.В., Рагулин В.В., Андреева Л.А., Мясоедов Н.Ф. Синтез фосфинового р,]ч-защищенного псевдопролилглицинового блока


Журнал общей химии. 2017. Т. 87. № 2. С. 291-294. 

10. Гусар В.А., Тимофеева А.В., Жанин И.С., Шрам С.И., Пинелис В.Г. Оценка временных паттернов экспрессии микрорнк в ткани головного мозга, плазме и лейкоцитах крови крыс в условиях фотоиндуцируемой ишемии. Молекулярная биология. 2017. Т. 51. № 4. С. 683-695.

11. Фоменко Е.В., Бобынцев И.И., Крюков А.А., Иванов А.В., Андреева Л.А., Мясоедов Н.Ф. Влияние селанка на функциональное состояние гепатоцитов крыс при иммобилизационном стрессе. Бюллетень экспериментальной биологии и медицины. 2017. Т. 163. № 4. С. 407-410.

12. Кобылянский А.Г., Золотарёв Ю.А., Андреева Л.А., Гривенников И.А., Мясоедов Н.Ф. Исследование токсических эффектов ряда биологически активных пептидов на модели эмбриональных стволовых клеток мыши. Бюллетень экспериментальной биологии и медицины. 2017. Т. 163. № 6. С. 696-697.

13. Наволоцкая Е.В., Садовников В.Б., Зинченко Д.В., Золотарев Ю.А., Липкин В.М., Завьялов В.П. Взаимодействие B-субъединицы холерного токсина с T-лимфоцитами человека. Биохимия. 2017. Т. 82. № 9. С. 1330-1337.

14. Шиловский Г.А., Шрам С.И., Моргунова Г.В., Хохлов А.Н. Cистема поли(ADP-рибозил)ирования белков: изменения при развитии, старении и ограничении клеточной пролиферации// Биохимия. Т. 82, № 11 с. 1391-1401.

15. Вьюнова Т.В., Шевченко К.В., Андреева Л.А., Шевченко В.П., Радилов А.С., Дулов С.А., Петунов С.Г., Мясоедов Н.Ф. Энзиматическая устойчивость и возможные молекулярные мишени синтетического пептида HFRWPGP. Химико-фармацевтический журнал. 2017. Т. 51. № 5. С. 9-12.

16. Наволоцкая Е.В., Садовников В.Б., Зинченко Д.В., Владимиров В.И., Золотарев Ю.А.


Α1-тимозин, Α2-интерферон и синтетический пептид lkekk ингибируют связывание b-субъединицы холерного токсина с мембранами эпителиальных клеток кишечника. Биоорганическая химия. 2017. Т. 43. № 6. С. 655-660.

17. Шевченко К.В., Безуглов В.В., Акимов М.Г., Нагаев И.Ю., Шевченко В.П., Мясоедов Н.Ф. Синтез N-ацильных производных пептида PRO-GLY-PRO-LEU: протеолитическая устойчивость in vitro и влияние на клетки мышиных макрофагов RAW264.7. Доклады Академии наук. 2017. Т. 476. № 5. С. 596-599.

18. Бoгачук А.П., Сторожева З.И., Телегин Г.Б., Чернов А.С., Прошин А.Т., Шерстнев В.В., Золотарев Ю.А., Липкин В.М. Специфическая активность амидной формы пептида hldf-6: изучение на трансгенной модели болезни альцгеймера Acta Naturae (русскоязычная версия). 2017. Т. 9.  3 (33). С. 68-74.

19. Шевченко В.П., Вьюнова Т.В., Нагаев И.Ю., Шевченко К.В., Мясоедов Н.Ф. Синтез меченного дейтерием или тритием ацетилхолина. Радиохимия. 2017. Т. 59. № 5. С. 456-460.



20. Сломинский П.А., Шадрина М.И., Коломин Т.А., Ставровская А.В., Филатова Е.В., Андреева Л.А., Иллариошкин С.Н., Мясоедов Н.Ф. Пептиды семакс и селанк влияют на поведение крыс в условиях экспериментальной модели болезни Паркинсона.
Доклады Академии наук.
Т. 474. № 2. С. 264-267.

21. Ляпина Л.А., Григорьева М.Е., Оберган Т.Ю., Мясоедов Н.Ф., Андреева Л.А. Коррекция проявлений экспериментального метаболического синдрома у крыс с помощью некоторых аргининсодержащих пептидов. Вестник Московского университета. Серия 16: Биология. 2017. Т. 72. № 2. С. 92-98.

22. Иноземцев А.Н., Бокиева С.Б., Карпухина О.В., Гумаргалиева К.З., Каменский А.А., Мясоедов Н.Ф. Парадоксальное влияние сочетанного воздействия семакса и молибдат аммония на обучение и память крыс. Вестник Московского университета. Серия 16: Биология. 2017. Т. 72. № 3. С. 174-178.

23. Иванов А.В., Бобынцев И.И., Шепелева О.М., Крюков А.А., Андреева Л.А., Мясоедов Н.Ф. Морфологические изменения печени крыс при стрессе и их особенности при ведении семакса. Морфология. 2017. Т. 151. № 1. С. 39-43.



24. Шепелева О.М., Иванов А.В., Бобынцев И.И., Крюков А.А., Андреева Л.А., Мясоедов Н.Ф. Влияние Актг4-7-pgp (семакса) на морфологию печени крыс в условиях острого эмоционально-болевого стресса. Курский научно-практический вестник Человек и его здоровье. 2017. № 3. С. 81-85.

25. Шиловский Г.А., Шрам С.И., Хохлов А.Н. Антивозрастная медицина и поли(adp-рибоза)-полимеразы: активировать или ингибировать? Клиническая геронтология. 2017. Т. 23. № 9-10. С. 76-78.

26. Оберган Т.Ю., Шубина Т.А., Григорьева М.Е., Ляпина Л.А., Мясоедов Н.Ф., Андреева Л.А. Исследование влияния регуляторных пептидов на липидный профиль, уровень глюкозы крови и массу тела крыс при развитии экспериментального метаболического синдрома. Современные проблемы науки и образования. 2017. № 3. С. 23.

27. Толстенок И.В., Лебедько О.А., Андреева Л.А., Иннокентьев А.А., Флейшман М.Ю.Влияние аргининсодержащего глипролина PRPGP на синтез ДНК и свободнорадикальное окисление в слизистой оболочке желудка белых мышей на модели индометацин-индуцируемого язвообразования. Тихоокеанский медицинский журнал. 2017. № 3. С. 50-53.

28. Соллертинская Т.Н., Шорохов М.В., Мясоедов Н.Ф., Андреева Л.А. Пластичность мозга: пептидные биорегуляторы в терапевтической коррекции мнестических, психоэмоциональных расстройств и межполушарной ассиметрии мозга у млекопитающих. Журнал «Асимметрия». 2017. Т. 11. № 2. С.19-37.

29. Мясоедов Н.Ф., Ляпина Л.А., Андреева Л.А., Оберган Т.Ю., Григорьева М.Е., Шубина Т.А. Оксопролиновые короткие пептиды – потенциальные фармакологические средства гиполипидемического и антитромботического действия //Биомедицинская химия, 2017. Т. 63, вып. 6. С. 546-552.

30. Савельева Е.М., Гетман И.А., Ломин С.Н., Ословский В.Е., Курочкин Н.Н., Михайлов С.Н., Сидоров Г.В., Романов Г.А. Исследование особенностей взаимодействия широкого ряда цитокинин-подобных лигандов с рецепторами цитокининов Arabidopsis Thaliana.

В сборнике: рецепторы и внутриклеточная сигнализация. Сборник статей Международной конференции. 2017. С. 887-892.

31. Myasoedov, N.F., Grigorjeva, M.E., Lyapina, L.A., Obergan, T.Y., Andreeva, L.A. Metabolic syndrome: Correct effects of regulatory peptides on hemostasis and metabolic processes// Metabolic Syndrome: Clinical Aspects, Management Options and Health Effects, January 2017, Pages 45-60. ISBN: 978-153610701-2. Nova Science Publishers, Inc.

Функциональная роль и механизмы действия летучих органических соединений, синтезируемых микроорганизмами.
Плюта В. А.

Лаборатория регуляции экспрессии генов микроорганизмов (ЛГЭГМ)
В последнее время большой интерес вызывает способность микроорганизмов синтезировать летучие органические соединения различной химической природы (ЛОС). Изучение функциональной роли и механизмов действия ЛОС – это новое актуальное направление в микробиологии и в тех областях биологии, в которых объектами исследования являются микроорганизмы. Это направление открывает мало изученные аспекты конкурентных отношений между микроорганизмами и закономерности их взаимодействия с высшими организмами. Кроме большого фундаментального значения, изучение ЛОС может обеспечить перспективы их использования на практике - в медицине, биотехнологии и с/х. Недавно была опубликована база данных идентифицированных ЛОС (более 2000), продуцируемых бактериями и грибами. Среди бактериальных ЛОС преобладают кетоны, спирты, терпены, кислоты, углеводороды, серо- и азот- содержащие соединения. ЛОС способны подавлять рост микроорганизмов, модулировать рост растений, влиять на синтез вторичных метаболитов, могут функционировать как сигналы дистанционной коммуникации нового типа между различными организмами. Функциональная роль и механизмы действия ЛОС на различные биологические объекты изучены слабо.

Объектами нашей работы являются ЛОС, образуемые почвенными бактериями родов Pseudomonas и Serratia. ЛОС были идентифицированы с помощью методов газовой хроматографии и масс-спектрометрии; в наибольшем количестве бактерии синтезировали кетоны, алкен ундецен, диметилдисульфид (ДМДС). Было показано, что суммарные газовые смеси, выделяемые бактериями, и индивидуальные ЛОС оказывали ингибиторное действие на агробактерии, в том числе, образующие биопленки, цианобактерии, фитопатогенные грибы, нематоды, дрозофилы и растения. Впервые было установлено, что ЛОС бактерий подавляют функционирование Quorum Sensing систем регуляции экспрессии генов бактерий. Действие изученных ЛОС не вызывало окислительный стресс и снижало транскрипцию с промоторов генов katG, soxS и oxyS, индуцируемых окислительным стрессом. Было показано, что ЛОС ингибируют рефолдинг термоинактивированных бактериальных люцифераз в клетках E. coli (особенно у мутанта без шаперона IbpB). С целью выяснения механизмов действия ЛОС получены транспозонные мутанты цианобактерий, устойчивые к действию кетонов; локализованы гены, определяющие устойчивость к 2-нонанону. Проведенный протеомный анализ (на модели мха Physcomitrella patens) показал, что 2-нонанон оказывает плейотропное действие на экспрессию белков.

Планируется проведение работ по изучению молекулярно-генетических механизмов действия ЛОС с различной химической структурой на микроорганизмы.

Публикации Лаборатории регуляции экспрессии генов микроорганизмов (ЛГЭГМ):
1. Melkina OE, Khmel IA, Plyuta VA, Koksharova OA, Zavilgelsky GB. Ketones 2-heptanone, 2-nonanone, and 2-undecanone inhibit DnaK-dependent refolding of heat-inactivated bacterial luciferases in Escherichia coli cells lacking small chaperon IbpB. Appl Microbiol Biotechnol. 2017 Jul;101(14):5765-5771.

2. Rtimi S, Nadtochenko V, Khmel I, Kiwi J. Evidence for differentiated ionic and surface contact effects driving bacterial inactivation by way of genetically modified bacteria. Chem Commun (Camb). 2017 Aug 10;53(65):9093-9096.

3.Тимофеева А.В., Ташлицкий В.Н., Ткачев А.Г., Баратова Л.А., Кокшарова О.А. Нанокомплексы на основе Таунита, связанного с биоцидами, как эффективные анти-цианобактериальные агенты. Российский журнал фиpиологии растений.    V. 64. N 6. P. 833-838. 4.S.Rtimi, V. Nadtochenko, I. Khmel, M. Bensimon, J. Kiwi. First unambiguous evidence for distinct ionic and surface-contact effects during photocatalytic bacterial inactivation on Cu-Ag films: Kinetics, mechanism and energetics // Materials Today Chemistry, 2017, 6, 62-74.

Специфичность выбора спейсеров при CRISPR-адаптации в CRISPR-Cas системе типа I-E у Escherichia coli

Савицкая Е.Е.

Лаборатория регуляции экспрессии генов мобильных элементов прокариот (ЛРЭГМЭП)

CRISPR-Cas системы иммунитета прокариот состоят из CRISPR кассет, представляющих собой уникальные спейсеры, разделенные короткими повторами, и ассоциированных с ними генов cas. Транскрипция и процессинг CRISPR кассеты приводит к образованию коротких крРНК, каждая их которых содержит один спейсер, окруженный фрагментами повторов. крРНК образуют комплекс с продуктами генов cas, который узнает участки нуклеиновых кислот (ДНК или РНК), комплементарные спейсеру крРНК, и инициирует деградацию соответствующих молекул в процессе CRISPR- интерференции. Разнообразие интерференционных комплексов, часто неродственных друг другу, используется для классификации CRISPR-Cas систем. В настоящее время выделяют 2 класса и 6 типов. Новые спейсеры встраиваются в CRISPR кассету в процессе, получившем название CRISPR-адаптация. Белки Cas1 и Cas2, обеспечивающие CRISPR-адаптацию, консервативны между системами различных типов и классов. У Esherichia coli, имеющей систему типа I-E, белки Cas1 и Cas2 образуют комплекс в соотношении 4:2, который способен встраивать ДНК фрагменты в CRISPR-кассету. Интересно, что на фоне CRISPR-интерференции CRISPR-адаптация идет намного эффективнее, а большинство спейсеров происходят из деградируемой молекулы ДНК. Такое явление получило название праймированной CRISPR-адаптации. Каким образом фрагменты-предшественники спейсеров образуются in vivo, какова специфичность адаптационного комплекса к фрагментам с различной структурой и нуклеотидной последовательностью остается недостаточно изученным.

В нашей лаборатории при изучении CRISPR-Cas системы типа I-E у E.coli были получены данные свидетельствующие о том, что фрагменты, предшественники спейсеров, могут представлять собой одноцепочечные фрагменты длиной более 100 нуклеотидов. При изучении CRISPR-адаптации с использованием плазмидных библиотек, в которых участки одного из преспейсеров были рандомизованы, удалось установить нуклеотидные последовательности, влияющие на эффективность встраивания, а также компоненты CRISPR-Cas системы, отвечающие за наблюдаемую специфичность. Сочетания биоинформатического анализа и методов машинного обучения позволяет предсказывать сравнительные частоты выбора фрагментов для встраивания в CRISPR-кассету. В целом, полученные результаты способствуют пониманию механизмов CRISPR-адаптации, а также могут быть использованы в биотехнологических прикладных направлениях, использующих данные механизмы.

Публикации Лаборатории регуляции экспрессии генов мобильных элементов прокариот (ЛРЭГМЭП):

1. Zetsche B, Heidenreich M, Mohanraju P, Fedorova I, Kneppers J, DeGennaro EM, Winblad N, Choudhury SR, Abudayyeh OO, Gootenberg JS, Wu WY, Scott DA, Severinov K, van der Oost J, Zhang F. Multiplex gene editing by CRISPR-Cpf1 using a single crRNA array. Nat Biotechnol. 2017 Jan;35(1):31-34.

2.Metelev M, Arseniev A, Bushin LB, Kuznedelov K, Artamonova TO, Kondratenko R, Khodorkovskii M, Seyedsayamdost MR, Severinov K. Acinetodin and Klebsidin, RNA Polymerase Targeting Lasso Peptides Produced by Human Isolates of Acinetobacter gyllenbergii and Klebsiella pneumoniae. ACS Chem Biol. 2017 Feb 3. 12(3):814-824.

3. Musharova O, Klimuk E, Datsenko KA, Metlitskaya A, Logacheva M, Semenova E, Severinov K, Savitskaya E. Spacer-length DNA intermediates are associated with Cas1 in cells undergoing primed CRISPR adaptation. Nucleic Acids Res. 2017  Apr 7. 45(6):3297-3307.

4: Lavysh D, Sokolova M, Slashcheva M, Förstner KU, Severinov K. Transcription Profiling of Bacillus subtilis Cells Infected with AR9, a Giant Phage Encoding Two Multisubunit RNA Polymerases. MBIO. 2017 Feb 14;8(1): e02041-16.

5. Strotskaya A, Savitskaya E, Metlitskaya A, Morozova N, Datsenko KA,Semenova E, Severinov K. The action of Escherichia coli CRISPR-Cas system on lytic bacteriophages with different lifestyles and development strategies. Nucleic Acids Res. 2017 Jan 26. 45(9):1946-1957.

6. Shmakov S, Smargon A, Scott D, Cox D, Pyzocha N, Yan W, Abudayyeh OO, Gootenberg JS, Makarova KS, Wolf YI, Severinov K, Zhang F, Koonin EV. Diversity and evolution of class 2 CRISPR-Cas systems. Nat Rev Microbiol. 2017 Mar;15(3):169-182.

7. Xu RG, Jenkins HT, Chechik M, Blagova EV, Lopatina A, Klimuk E, Minakhin L, Severinov K, Greive SJ, Antson AA. Viral genome packaging terminase cleaves DNA using the canonical RuvC-like two-metal catalysis mechanism. Nucleic Acids Res. 2017. 45(6):3580-3590.

8. Savitskaya E, Lopatina A, Medvedeva S, Kapustin M, Shmakov S, Tikhonov A, Artamonova II, Logacheva M, Severinov K. Dynamics of Escherichia coli type I-E CRISPR spacers over 42 000 years. Mol Ecol. 2017 Apr;26(7):2019-2026.

9. Sokolova M, Borukhov S, Lavysh D, Artamonova T, Khodorkovskii M, Severinov K. A non-canonical multisubunit RNA polymerase encoded by the AR9 phage recognizes the template strand of its uracil-containing promoters. Nucleic Acids Res. 2017 Jun 2;45(10):5958-5967.

10. Popova AV, Lavysh DG, Klimuk EI, Edelstein MV, Bogun AG, Shneider MM, Goncharov AE, Leonov SV, Severinov KV. Novel Fri1-like Viruses Infecting Acinetobacter baumannii-vB_AbaP_AS11 and vB_AbaP_AS12-Characterization, Comparative Genomic Analysis, and Host-Recognition Strategy. Viruses-Basel. 2017 Jul 17;9(7). pii: E188.

11.Shmakov SA, Sitnik V, Makarova KS, Wolf YI, Severinov KV, Koonin EV. The CRISPR Spacer Space Is Dominated by Sequences from Species-Specific obilomes. MBio. 2017 Sep 19;8(5). pii: e01397-17.

12. Martynov A, Severinov K, Ispolatov I. Optimal number of spacers in CRISPR arrays. PLoS Comput Biol. 2017 Dec 18;13(12):e1005891.

13. Petushkov I, Esyunina D, Mekler V, Severinov K, Pupov D, Kulbachinsky A. Interplay between σ region 3.2 and secondary channel factors during promoter escape by bacterial RNA polymerase. Biochem J. 2017  Dec 1;474(24):4053-4064.




Поделитесь с Вашими друзьями:
1   2   3   4


База данных защищена авторским правом ©grazit.ru 2017
обратиться к администрации

    Главная страница